云南農村自來水廠供水工程消毒方法有次氯酸鈉消毒、二氧化氯消毒、臭氧消毒等。

云南農村自來水廠供水工程消毒設備有：①電解食鹽次氯酸鈉發生器；②商品次氯酸鈉溶液、漂白粉、漂粉精等消毒劑投加裝置；③復合型或高純型二氧化氯發生器；④臭氧發生器。

千人以上供水工程一般配備消毒設備進行消毒，小型分散供水工程可采取投加漂白粉和漂精片進行消毒。